예제3

본 문서는 현재 테스트 중입니다. 참고로 봐주세요.

다음과 같이 rnaseq 분석 파이프라인을 수행할 수 있습니다.

cd /shared
git clone https://github.com/cbrueffer/snakemake-aws-parallelcluster-slurm.git
git clone https://github.com/snakemake-workflows/rna-seq-star-deseq2.git

cp -r snakemake-aws-parallelcluster-slurm/aws-parallelcluster-slurm/ rna-seq-star-deseq2/profiles/aws-parallelcluster-slurm

vi profiles/aws-parallelcluster-slurm/config.yaml
*# partition*: compute-small -> *queue partition name*
*# tmpdir*: /scratch -> /tmp

cd /shared/rna-seq-star-deseq2/
cp .test/config/* config/
cp -r .test/ngs-test-data/  .

snakemake -np
snakemake --profile profiles/aws-parallelcluster-slurm