예제1

다음과 같이 현재 폴더에서 Snakefile 파일명으로 아래 내용을 작성해봅니다.

vi Snakefile

rule all:
    input:
        expand(
            "{cheer}/world.txt",
            cheer = ['Bonjour', 'Ciao', 'Hello', 'Hola'],
        ),

# First real rule, this is using a wildcard called "cheer"
rule multilingual_hello_world:
    output:
        "{cheer}/world.txt",
    shell:
        """
        echo "{wildcards.cheer}, World!" > {output}
        """

dry run을 수행할 수 있습니다.

snakemake -np

다음과 같이 snakemake executer를 사용해 실행해봅니다.

snakemake -s Snakefile --cluster qsub --jobs 5