Snakemake 설치

만일 구축시 snakemake 설치를 진행했다면 이 단계를 건너뛸 수 있습니다.

다음과 같이 conda (mamba) 기반으로 snakemake를 헤드노드 OS 환경 하에 설치 및 사용 할 수 있습니다.

yum install -y curl

curl -L -O "https://github.com/conda-forge/miniforge/releases/latest/download/Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh"

export CONDA_HOME="/shared"
bash Mambaforge-$(uname)-$(uname -m).sh -b -p "${CONDA_HOME}/conda"

source "${CONDA_HOME}/conda/etc/profile.d/conda.sh"

mamba create -c conda-forge -c bioconda -n snakemake snakemake -y

mamba activate snakemake

설치와 관련해 보다 자세한 사항은 snakemake 공식 설치 메뉴얼을 참고 해주세요.