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AWS ParallelCluster
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Snakemake 사용

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Last updated 2 years ago

Snakemake는 분석환경을 파일 정보로 제공할 수 있는 --profile옵션이 존재합니다. 이를 통해 ParallelCluster 기반으로 구축된 Slurm 환경하에서 보다 쉽고 효율적으로 snakemake 워크플로우를 수행할 수 있습니다. ()

다음은 Github을 통해 공개된 profile에 사용될 수 있는 사전 정의된 Slurm 기반 설정 정보 파일 모음입니다.

공식 snakemake 문서
GitHub - jdblischak/smk-simple-slurm: A simple Snakemake profile for Slurm without --cluster-configGitHub
A simple Snakemake profile for Slurm without --cluster-config
GitHub - cbrueffer/snakemake-aws-parallelcluster-slurm: Snakemake profile for running on AWS ParallelCluster with the Slurm schedulerGitHub
Snakemake profile for running on AWS ParallelCluster with the Slurm scheduler
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